Musée Henrique et Francisco Franco
Dédié aux deux frères Franco de Sousa, l'un peintre et l'autre sculpteur, qui furent des artistes renommées dans les anées 1920 et fréquentérent, à Paris, Modiglianni et Picasso, ce musée est inauguré le 21 Août 1987. Il est installé dans une édifice dont l'architecture est caractéristique des annés 1940, qui correspondent à la période de meilleure production de ces artistes au Portugal, il présente au visiteur leurs plus belles piéces, produit de l'inventaire des ateliers de Lisbonne et Funchal.
Musée d'Histoire Naturelle
De 1882 à 1908, dans les salles de l'ancien Séminaire de Funchal, ont été réunis des exemplaires et des collections relatifs à différentes branches des sciences de la nature. Ils ont été recueillis, organisés et classés par le Père Ernesto João Schmitz, savant ornithologiste allemand qui s'était installé à Madère en 1874.
Nommé Vice-Recteur du Séminaire Diocésain le 27 septembre 1881, il a commencé, quelques temps après, à organiser un Musée d'histoire Naturelle, à partir d'innombrables exemplaires endémiques, nouveaux et rares découverts dans le vaste domaine scientifique de l'archipel, ainsi qu'il le lui avait été sugéré par d'autres naturalistes étrangers, eux aussi intéressés par l'île.
Le Père Schmitz était avant tout un ornithologue mais il s'est également consacré à l'étude d'autres branches de l'histoire Naturelle. Très intéressé par les insectes et les mollusques terrestres et marins ainsi que par toute la flore de la surface océanique, il a effectué des travaux spécifiques dans le domaine des algues, des variétés de coquillages, des coraux et de l'ichtyologie.
A ce travail de recherches de Schmitz se sont jointes les importantes collections de muscinées et de phanéogrames organisées par le naturaliste anglais James Yate Johnson, avec quelques spécimens non-signalés dans d'autres partie du globe et comportant de nombreux exemplaires recueillis dans les îles Canaires Voisines.
Dans le domaine des lichens et des fongus sont venues s'ajouter les collections organisées par le Père Jaime de Gouveia Barreto qui a remplacé à cette époque Ernesto Schmitz dans les fonctions de conservateur du Musée du Séminaire.
Il faut également signaler la contribuition du biologiste madérien Père Armando Sardinha, notamment en ce qui concerne le classement et l'indexation des collections existentes, ainsi que celle de scientifiques comme Hartung, Gonçalves Costa, Carlos Menezes, Luisier, Persson, Mitten, Cardot, Potier de la Varde et Navás.
Cette collection, propriété du Diocèse, a été confiée au Jardin Botanique en 1982, pour constituer le noyau du Musée d'Histoire Naturelle.
Musée d'Art Contemporain
La salle d'Arte Contemporain, inaugurée le 28 mai 1984 est constituée d'oeuvres acquises tout au long de presque trois décennies que ce soit dans des expositions collectives ou individuelles ou directement auprès des artistes, certaines d'entre elles ont même été données. Les premières oeuvres qui entrèrent dans les collections de cette région furent celles dela première et de la deuxième Exposition de Peinture Contemporaine Portugaise de 1966 et 1967 réalisées à Funchal.
On peut y trouver entre autres des oeuvres d'António Areal, Helena Almeida, Nuno Sequeira, Manuel Baptista, Jorge Martins.
Outre une curieuse expérience "Op" d'Artur Rosa, Joaquim Rodrigo, que l'on intègre habituellement dans la mouvance "Pop", est également représenté.
La collection vaut aussi par des oeuvres des années 60 - 70, de jeunes irrévérencieux qui, abandonnant les productions académiques, se lancèrent dans les expérimentations. Tel est le cas de Lourdes de Castro et de René Bertholo.
Les années 70-80 sont représentées par des oeuvres qui vont de la gravure à la peinture, d'artistes déjà consacrés: Bartolomeu Cid dos Santos, Gil Teixeira Lopes, António Bouca, Ilda Reis, Cargaleiro, José de Guimarães, Emília Nadal, Jorge Pinheiro, Carlos Calvet, António Palolo, Nuno Sampayo, Fátima Melo, Cruzeiro Seixas, Henrique Ruivo, Charters d'Almeida, Isabel Laginhas, Catarina Castelo Branco, Martha Teles, Guilherme Parente, Filipe Rocha da Silva ainsi qu'une huile de Maria Helena Vieira da Silva acquise grâce à la loi sur le mécénat.
La collection s'enrichit et s'actualise progressivement et prétend s'affirmer comme un moyen efficace de diffusion de l'art portugais contemporain auprès du public madérois et de ceux qui viennent nous rendre visite.