Museum Henrique und Francisco Franco
Das Museum ist den Brudern Franco de Sousa gewidmet, die, der eine Maler, der andere Bildhauer, in den Zwanziger Jahren bekannte Kunstier, sowie Freude (in Paris) Von Modiglianni und Picasso waren. Das Museum Wurde am 21. August 1987 eingeweiht. Das Museumsgebaude wurde in den vierziger Jahren errichet. Die vierziger Jahre Waren auch die Glanzzeit der Kunstler, Einige der besten Arbeiten der Kunstler, Nachlasse aus den Atelies Funchal und Lissabon werden hier ausgestellt.
Naturgeschichtliches Museum (Museu de História Natural)
Von 1882 bis 1908 befand sich in den Museumsräumen des alten Priesterseminars von Funchal eine Sammlung aus verschiedenen naturwissenschaftlichen Gebieten. Diese war mit viel Mühe von Pater Ernst Hans Schmitz zusammengestellt, aufgebaut und klassifiziert worden. Der Pater war ein gelehrter deutscher Vogelkundler und hatte sich 1874 auf Madeira niedergelassen.
Nachdem er am 27. September 1881 das Vize-Rektorat des Diözese-Seminars übernommen hatte, begann er kurz darauf, ein naturgeschichtliches Museum aufzubauen. Die zahllosen neuen und seltenen endemischen Exemplare, die die Wissenschaft auf dem Archipel entdeckte, und das grosse internationale Interesse von Naturwissenschaftlern an der Insel hatten ihn zu diesem Unternehmen angeregt.
Pater Schmitz’ besondere Vorliebe galt der Vogelkunde, aber er widmete sich auch anderen naturgeschichtlichen Gebieten. Lebhaftes Interesse schenkte er den Insekten und Weichtieren an Land und im Meer und der Flora auf dem Meeresgrund. So verdankt man ihm aufsehenerregende Arbeiten auf dem Gebiet der Algen, verschiedener Muschelarten und Korallen sowie der Fischkunde.
Zur Forschungsarbeit von Schmitz kamen bedeutende Sammlungen von Moosgewächsen und Phanerogamen hinzu, die von dem englischen Naturwissenschaftler James Johnson angelegt worden waren und einige, in anderen Teilen der Welt nicht verzeichnete Spezies enthalten, die von den benachbarten Kanarischen Inseln stammen.
Auf dem Wissensgebiet der Flechten und Pilze sind die Sammlungen von Padre Jaime de Gouveia Barreto hinzugekommen. Dieser löste seinerzeit Ernst Schmitz ab in seiner Funktion als Konservator des Museums des Priesterseminars.
Hervorzuheben sind auch die Beiträge des Madeirenser Biologen Padre Armando Sardinha, besonders in der Konservierung und Katalogisierung der bestehenden Sammlungen sowie die Beiträge zahlloser anderer Wissenschaftler wie Hartung, Gonçalves Costa, Carlos Menezes, Luisier, Persson, Mitten, Cardot, Potier de la Varde und Navás.
Dieser Nachlass aus dem Besitz der Diözese wurde 1982 dem Botanischen Garten zur Verwahrung übergeben, um so das Kernstück für ein Naturgeschichtliches Museum zu bilden.
Museum für zeitgenössische Kunst (Museu de Arte Contemporânea)
Der Saal der zeitgenössischen Kunst, der am 23. Mai 1984 eingeweiht wurde, besteht aus Werken, die im Laufe von nahezu drei Jahrzehnten erworben wurden, entweder bei Misch- oder Einzelausstellungen oder direkt von den Künstlern, wobei es sich bei einigen sogar um Schenkungen handelt. Die ersten Werke, die in die Sammlungen dieser Region aufgenommen wurden, waren jene aus der ersten und zweiten Ausstellung der zeitgenössischen portugiesischen Malerei aus den Jahren 1966 und 1967, die in Funchal stattfanden.
Es finden sich unter anderem Werke von António Areal, Helena Almeida, Nuno Siqueira, Manuel Baptista und Jorge Martins. Neben einem aussergewöhnlichen Experiment namens “Op” von Artur Rosa ist in der Sammlung auch Joaquim Rodrigo vertreten, zu finden unter dem Pseudonym “POP”.
Die Ausstellung wird ebenfalls geprägt von den Werken aufbegehrender Jugendlicher aus den 60er und 70er Jahren, die sich auf das Feld des Experimentierens begaben und die traditionellen Wege verliessen. Hierzu sind Lourdes de Castro und René Bertholo zu rechnen.
Die 70er Jahre werden von Werken repräsentiert, die von Gravur bis Malerei reichen, von Künstlern der jüngeren Generation, oder von Werken bekannter Künstler wie Bartolomeu Cid dos Santos, Gil Teixeira Lopes, António Bouca, Ilda Reis, Cargaleiro, José de Guimarães, Emília Nadal, Jorge Pinheiro, Carlos Calvet, António Palolo, Nuno Sampayo, Fátima Melo, Cruzeiro Seixas, Henrique Ruivo, Charters d’Almeida, Isabel Laginhas, Catarina Castelo Branco, Martha Teles, Guilherme Parente und Filipe Rocha da Silva und sogar ein Ölbild von Maria Helena Vieira da Silva nach allen Regeln der Kunst.
Die Ausstellung ist gekennzeichnet von wachsender Bedeutung und ständiger Aktualisierung und hat den Anspruch, die zeitgenössische portugiesische Kunst den Bewohnern und Besuchern Madeiras etwas näherzubringen.